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基于金钗石斛EST的短串联重复序列的挖掘

梁山 陈莉莉 李洪清

梁山, 陈莉莉, 李洪清. 基于金钗石斛EST的短串联重复序列的挖掘[J]. 华南师范大学学报(自然科学版), 2011, (2).
引用本文: 梁山, 陈莉莉, 李洪清. 基于金钗石斛EST的短串联重复序列的挖掘[J]. 华南师范大学学报(自然科学版), 2011, (2).
EST-STR MINING FROM DENDROBIUM NOBILE[J]. Journal of South China normal University (Natural Science Edition), 2011, (2).
Citation: EST-STR MINING FROM DENDROBIUM NOBILE[J]. Journal of South China normal University (Natural Science Edition), 2011, (2).

基于金钗石斛EST的短串联重复序列的挖掘

基金项目: 

国家自然科学基金-广东省联合基金;广东省博士启动基金;广东省植物发育工程重点实验室开放基金

详细信息
    通讯作者:

    李洪清

  • 中图分类号: 

    Q949.95 药用野生植物

EST-STR MINING FROM DENDROBIUM NOBILE

  • 摘要: 金钗石斛是常见的药用和花卉植物,但是缺乏在基因组尺度上对该物种的研究.本研究利用计算机程序搜索了金钗石斛EST上的短串联重复位点,共获得2 122个基序长度2~7bp,STR长度不小于12bp且重复次数不小于3的STR位点. 其中,3bp-STR最为丰富,而 2bp和6bp基序的STR位点也在可表达基因中富集.一般而言,随着基序长度的增加,STR的重复次数和分布范围减少/缩窄. 金钗石斛基因组上存在439个基因特异分布的STR位点,暗示这些STR位点可能与特定的功能基因共进化.
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出版历程
  • 收稿日期:  2010-11-05
  • 修回日期:  2010-12-02
  • 刊出日期:  2011-05-25

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