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基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建

金鹰 邓小元

金鹰, 邓小元. 基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建[J]. 华南师范大学学报(自然科学版), 2009, 1(1): 91-94 .
引用本文: 金鹰, 邓小元. 基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建[J]. 华南师范大学学报(自然科学版), 2009, 1(1): 91-94 .
JIN Ying, . THE CONSTRUCTION OF EXON/INTRON DATABASE (EID) BASED ON CDS..JOIN FEATURES[J]. Journal of South China normal University (Natural Science Edition), 2009, 1(1): 91-94 .
Citation: JIN Ying, . THE CONSTRUCTION OF EXON/INTRON DATABASE (EID) BASED ON CDS..JOIN FEATURES[J]. Journal of South China normal University (Natural Science Edition), 2009, 1(1): 91-94 .

基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建

详细信息
    通讯作者:

    金鹰

THE CONSTRUCTION OF EXON/INTRON DATABASE (EID) BASED ON CDS..JOIN FEATURES

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    Corresponding author: JIN Ying
  • 摘要: 基因进化的研究和重构通常是在序列水平上进行的,包括比对它们的遗传序列或蛋白序列。而对基因外显子/内含子结构的分析能够提供更多有价值的信息,比如绘制更为可靠的系统发生图谱,或更精确地阐明内含子的进化。为此,本文设计了相应的Perl脚本程序来提取、比较和搜索基因说明文档中CDS..join特征域的Exon/Intron结构。通过该方法,可构建相关物种的Exon/Intron数据库(EID),其主要内容包括内含子的相位,Exon或Intron的数量、大小,剪接位点的模式以及选择性剪接(Alternative splicing, AS)的相关信息。
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出版历程
  • 收稿日期:  2008-07-17
  • 修回日期:  2008-10-06
  • 刊出日期:  2009-02-25

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